Ses études d’anthropologie commencent avec un travail de terrain à Salvador de Bahia, Brésil, de 1977 à 1979, à l’Universidade Federal da Bahia. La recherche porte sur le synchrétisme religieux en relation avec la santé mentale. De 1979 à 1982, Jacques Arpin étudie à Tulane University, New Orleans, Louisiana, Etats-Unis en anthropologie culturelle. Il termine son MA (masters) en 1988 avec un travail sur l’impact du diagnostic médical sur les migrants.
Il termine ensuite son PhD (doctorat) multidisciplinaire en 1991 et 1997, avec une thèse sur les relations entre santé, culture et performance.

A son retour en Suisse en 1983 il termine sa spécialisation en psychiatrie.
Il met sur pied, en 1985, une consultation pionnière d’ethnopsychiatrie (cultural psychiatry), la première en Suisse. Le travail était alors réparti entre les services médicaux et ceux de l’immigration. En 1988, Jacques Arpin commence à orienter sa recherche vers l’anthropologie théâtrale avec l’ISTA (International School of Theater Anthropology).

Dès 1992, il travaille comme consultant transculturel indépendant, une activité professionnelle composite faite de consultation en psychiatrie culturelle, de supervisions pour professionnels impliqués en santé et migration, évaluations de situations transculturelles pour expertises, enseignement et recherche. Depuis 1995, son effort se concentre sur les apprentissages culturels des traditions et techniques du corps et leurs applications dans le carrefour de la santé et de la culture. L’implication d’Arpin dans la pratique des arts visuels, de la musique, du théâtre et de la danse est entièrement intégrée dans son travail.